Khi tổng hợp phân tử thuốc, chúng ta cần nắm vững những nguyên lý sau: các yếu tố điện tử trong phản ứng hữu cơ, vấn đề dung môi, xúc tác, kỹ thuật phân riêng, tính chế,...., có khi do yêu cầu nghiên cứu sâu hơn, phải tổng hợp cả những phân tử hữu cơ có nguyên tử đánh dấu để theo dõi tác dụng dược lý được thuận lợi và chính xác.